NetBioDyn: simulação de embriogénese e cancro

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A simulation of the theory described in “Modeling embryogenesis and cancer: an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependence of cells for proliferation”. Kupiec et al. 2004

No meu trabalho de pós-graduação fiz um modelo multi-agente para simular a formação de tecidos cancerígenos assim como o seu crescimento e é com curiosidade que descobri esta simulação acima que utiliza a plataforma NetBioDyn que é vocacionada para simular sistema biológicos.

Análise de Redes mostra monopólios escondidos

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Researchers have made the first maps of corporate stock ownership for the stock markets of a large number of countries, 48 in all. The new network analysis technique reveals “backbones” in these ownership networks: big players that together own a controlling stake in more than 80 percent of the companies in the markets.

80% das companhias existentes nos mercados financeiros de 48 países são controlados por um punhado de empresas… reveladas através da análise de redes…

Comprimir o Genoma Humano em 4MB

We apply a series of techniques to James Watson’s genome that in combination reduce it to a mere 4MB, small enough to be sent as an email attachment.

Comprimir dados é uma das tarefas mais rotineiras do nosso dia a dia. No entanto os algoritmos de compressão não são muito eficientes para comprimir o código do genoma humano. Scott Christley, Yiming Lu, Chen Li e Xiaohui Xie escreveram um artigo onde utilizam técnicas avançadas de compressão para conseguir compressões de 100:1 permitindo que o genoma humano possa ser enviado como attach de correio electrónico.

Curiosamente os investigadores utilizaram o genoma de James D. Watson, o cientista que co-descobriu a estrutura helicoidal dupla do DNA e que em 2007 se viu envolto em polémica, tendo afirmado que os Africanos seriam menos inteligentes que os Europeus, algo que apesar de ter rapidamente desmentido lhe valeu uma reforma antecipada.

O mais extraordinário desta aplicação de compressão é que permite dizer que somos definidos por pouco mais que duas disquetes de 3.5″ ou por metade da capacidade de um iPod nano. Certamente que a ideia de complexidade que temos de nós próprios é definida por muito mais que simplesmente o nosso genoma, mas no entanto não deixa de ser muito estranho.

Seis graus de separação – Mito ou realidade?

O fenómeno dos SEIS GRAUS de separação de Milgram é também conhecido através dos seus derivados, como o jogo Kevin Bacon. A TV australiana ABC fez um filme sobre o fenómeno com entrevistas aos principais investigadores da área, Strogatz, Barabási, Watts, etc… Tudo à procura da ESTRUTURA latente das nossas conexões sociais.

Quem estiver interessado em ver o programa pode fazer download do filme “Connected-The Power of Six Degrees” (300MB)

Modelo Kvintus – Juntando Repast com Google Maps…

O Kvintus é uma simulação de agentes, programada em Repast e visualizada com o Google Maps. A ideia é interessante e algo que defendo desde que me mudei para o campo do Mason. [ad#ad-1]Por mais que se queira facilitar a vida do investigador que precisa de construir uma simulação é preciso separar claramente o modelo da visualização. Neste caso a utilização do Repast não é a mais prática para conseguir este efeito, no entanto o trabalho Hans Skov-Petersen parece mostrar o contrário.

Já agora o vídeo mostra a utilização do espaço por parte de joggers (amarelos) que fazem o seu exercício matinal preferencialmente através dos trilhos existentes na floresta e por outro a população de veados que vão sendo assustados de cada vez que tem um encontro com um corredor (a vermelho quando se assustam e fogem).