Detesto o Inverno

The Roots

Este ano parece que não nos safamos à água por todo o lado. Inverno, Inverno, Inverno, Inverno…. Cadela! Inverno (Cadela? Que raio faz Cadela aqui?).

Já não tenho idade para ser pintor, escritor ou artista. Sou apenas de meia idade e rezingão, com a mania que engoli o mundo e o cuspi numa escarradela. Mas carago, este mundo podia não estar tão encharcado, podia ser um pouco mais quente e solarengo.

Do you know that there is a colour called “Peru”?

I didn’t but there is! I thought it had something to do with the national flag of the country, but no… This is Peru:

 

A kind of Orange (that probably I’ll be using in the A tags of my HTML). I’ve seen the so called web colours being labelled around shades and tones and hues but these that reference countries (or animals) are rare. Are there more colours with strange names?

Complexity (What is it?)

We all have been using the term complexity in many situations. But what really distinguishes Complexity from complicated things? What is emergence? What is a feedback loop?

The BBC4 show “In our time” just tried to do that today by inviting Professor Ian Stewart, Professor Jeffrey Johnson and Professor Eve Mitleton-Kelly to explain in the radio. A great podcast to listen and follow. The MP3 is available for download.

Até quando haverá Portugueses de abalada?

Portugueses de abalada

Segundo o que dizem as estatísticas parece que 120,000 portugueses abandonaram o país no ano transato. Sou um desses 120,000 e felizmente tenho um trabalho que me permite estar com um pé lá e outro cá, sempre fazendo mais milhas de avião do que o que desejava.

O meu problema não são as soluções que cada um encontra para si, porque cada um sempre o fará por ambição ou necessidade. O meu problema é este neo-liberalismo que pretende fazer do país um modelo de analfabetismo, atraso científico e um gueto da Europa.

Veja-se o que diz a propósito desta situação o antigo reitor da universidade de Lisboa à TSF: Desperdício da geração jovem é quase criminoso. Eu diria que está na altura de remover a palavra quase e efectivamente criminalizar os actos políticos que destroem a nação, e nisto estou a incluir destruição financeira, social ou cultural. Há que criminalizar os actos de vilipendiagem permanente a que somos sujeitos, sem que haja a responsabilização criminal adequada. É preciso meter os políticos na linha, sob pena de brevemente não haver cá mais ninguém a quem se possa chamar Português.

(isto deve ser porque é quase sexta-feira)

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5 razões para tomar notas em formato texto.

text-mou-markdown

Tenho a sensação que arranjar formas de melhorar/organizar o meu trabalho é uma missão recorrente que revisito a cada 6 meses. Sou bastante não linear nos meus processos e as minhas coisas espalham-se por pastas, programas, computadores, etc… como migalhas digitais sem fim.

Até agora a organização das minhas notas está centrada no fabuloso Evernote (tal como as da Maria João Valente), mas a verdade é que nunca gostei muito de não ter a possibilidade de editar as notas noutros softwares. Prefiro utilizar texto puro (ou uma versão MultiMarkdown que utilizo para o blogue), algo que me garante que a legibilidade futura dos ficheiros está garantida, mesmo que as aplicações onde tomo notas venham um dia a desaparecer.

Assim, neste contexto de ter tudo organizado em ficheiros de texto como base de dados, eis as minhas escolhas recentes:

  1. As minhas notas estão todas guardadas em ficheiros de texto para compatibilidade futura com tudo o que possa utilizar (win/mac/*nix/iOS/android…).
  2. As notas são guardadas numa pasta da Dropbox de forma a serem editadas em qualquer lado.
  3. Gravo as notas com extensão .md em vez de .txt para facilitar a vida aos editores de Markdown.
  4. Utilizo o nvAlt para gerir e escrever as notas no Mac. Quando estou a escrever algo longo e quero ficar concentrado apenas numa aplicação para Markdown utilizo o Mou (até tem o som das teclas de máquina de escrever antiga para os mais saudosistas, e em full screen é um ambiente completamente único).
  5. O Markdown permite que os ficheiros de texto tenham uma legibilidade que outros formatos (como o HTML) não permitem.

Claro que neste momento estou ainda a habituar-me à mudança e a tentar evitar o Evernote para tomar todas estas notas, mas até agora estou a adorar o sistema.

Paralelamente a isto tenho dois objectivos para melhorar a minha produtividade. Uma é aprender a utilizar um teclado colemak em vez do qwerty normal. A minha velocidade de escrita não é má (50-60 palavras por minuto), mas adoraria ser melhor e todos parecem gabar este layout. A outra é ser mais produtivo em termos de tempo perdido no dia a dia. São inúmeras as coisas onde perdemos tempo. Para isso estou a utilizar o RescueTime para ver onde o tempo voa. Bem, mas mais tarde voltarei a falar destes passos.

Atravessando a Europa por causa da ECCS13

In Barcelona for ECCS13

Após uma viagem muito divertida atravessando Espanha, finalmente chegamos a Barcelona. Cansados, com um GPS que tinha deixado de cooperar (NDrive nunca mais, onde anda o meu velhinho TomTom?) e indicava uma distância para o Hotel de 34Km, mesmo quando já estávamos dentro do mesmo. Ainda assim, e fugindo a uns pingos de chuva lá fomos até à Rambla para procurar comida (com a nossa sorte ainda teríamos que acabar abrindo uma garrafa de Vinho Verde e o presunto de Salamanca que estavam no carro).

A conferência europeia de sistema complexos (a finalidade para a qual esta viagem foi feita) bateu todas as expectativas. Mais de 1000 participantes estiveram no World Trade Center de Barcelona (porto de abrigo do muitos paquetes e cruzeiros que se realizam no mediterrâneo). O sucesso da conferência para os próximos anos parece assegurada (Lucca em Itália será perfeita) mas torna difícil selecionar com critério o que ver, tantas que são as sessões paralelas. Para além disso o último dia foi mais fraco, até porque muitos (como eu) se fizeram à estrada.

O caminho de volta à ilha levou-me para Norte, por Girona e FIgueres do lado espanhol e por Beziers, Millau (onde atravessei o fantástico viaduto Millau do Norman Foster) para terminar em Clermont-ferrand.

O dia seguinte levou-me ainda mais para norte onde atravessei a mancha no comboio de automóveis (Já viram a beleza que viajou comigo?)

No total de foram mais de 30h a conduzir (13 de Lisboa para Barcelona, 7 de Barcelona para Clermond-ferrand e 12 de Clermond-ferrand para Milton Keynes). No fim desta viagem penso que já não direi mal da Easyjet quando me trouxer de regresso a Lisboa.

R and iGraph: Colouring Community Nodes by attributes

When plotting the results of community detection on networks, sometimes one is interested in more than the connections between nodes. These network relations are usually multidimensional and you might want to represent other aspects other than the network links between nodes.

Plotting node attributes in R and iGraph might be tricky as the documentation is not always clears. In this example we’ll be using the Davis Dataset from the iGraph repository. This dataset was collected by Davis et al1 in the 1930s and represents the observed attendance at 14 social events by 18 Southern women.

Load Data in R

Let’s start by loading network data into R and also load the required igraph libraryigraph is a graph manipulation library that makes it very easy to create, load, analyse, and plot graphs in R. I’ve provided many examples of using igraph but one should really invest some time learning igraph for serious networks and graphs analysis.

library(igraph)
graph <- nexus.get("Davis")
plot(graph)

plot of Davis et al graph without Colouring Community Nodes

It is obvious that the plot of the graph is very bland and it isn’t easy to see any natural graph partition. It would be nice to have clusters of people in different colours and shapes. Let’s try to improve the plot by identifying communities in the graph.

Finding communities

Let’s ignore that this graph is a bipartite graph for now, let’s just try to partition the graph into communities. Is there a natural division? A division of the graph nodes where there are more connections inside the partition than there are connections to other communities? Let’s colour the nodes according to the community they belong:

graph.com <- fastgreedy.community(graph)
V(graph)$color <- graph.com$membership + 1
plot(graph)

To find the communities in the graph, we first use Clauset et al2 greedy algorithm that maximises modularity of the graph in an agglomerative hierarchical clustering. Modularity compares the density of connections inside communities with a null model where connections between graph nodes was random. Then we assign the attribute color according to the graph community membership.

plot of David communities with Colouring Community Nodes

Change graph node’s shape

As we see the algorithm found 2 communities and at first inspection the division seams reasonable. In any case remember that there's another natural division that the algorithm couldn't find: the bipartite relation Event / Woman. Each node has this other property that says “Is Woman” or “Is Event”. Let's use that to characterise the graph in a different way. We have 14 Events. For these we'll change their shape.

V(graph)[V(graph)$type == 1]$shape <- "square"
V(graph)[V(graph)$type == 0]$shape <- "circle"
plot(graph)

plot of Davis communities with changed shapes in R

As we can see, we change the look of the graph in R by changing attributes of the nodes or of the edges. Almost every visual aspect can be changed, from the layout of the graph, to the size of the elements of the graph. This examples illustrated the basic mechanisms to change the plotting of graphs to make them more informative.


  1. Allison Davis, Burleigh Bradford Gardner, Mary R. Gardner, Deep south: a social anthropological study of caste and class, University of Chicago Press (1941). 

  2. A Clauset, MEJ Newman, C Moore: Finding community structure in very large networks, http://www.arxiv.org/abs/cond-mat/0408187 

Notas de 8 de Março

4000 Lattes

Não consigo perceber o porquê de tanta notícia sobre os 4000 ‘lattes’ que o Steve Jobs encomendou na apresentação do iPhone. Parece uma daquelas coisas de fanboys dementes e o surgimento de tantas referências a esse episódio mais ou menos em simultâneo é algo concertado. E o papalvo come e cala. Ou então talvez seja uma forma de fazer relações públicas e manter o nome da Apple nos ditos sites sem haver realmente nada de interessante para falar.

Linux Desktop

Também não consigo perceber a recente onda de posts sobre o abandono do linux desktop a favor do Mac OS X. Entre os queixosos aparecem o Dave Winer (do RSS) e o Miguel de Icaza (ex-gnome e agora Mono). Entre as coisas que se queixam aparece a necessidade de configurar manualmente as máquinas para conseguir ter aquilo que precisam a funcionar. Curiosamente não tenho que instalar nada manualmente há muito tempo para que o Ubuntu funcione correctamente. Pelo contrário, para ter algumas coisas a funcionar no OS X é preciso andar a fazer uns kung fus com homebrew, macport ou fink, mas pelos visto para eles isso é bem melhor que um apt-get qualquer. Não percebo. Ou percebo, mas não vou entrar em teorias de conspiração.

Trabalhar em pé

Há agora uma paranóia ou moda, ou lá o que lhe quisermos chamar, sobre os malefícios de trabalhar sentado e todos parecem andar a construir mesas feitas para trabalhar em pé. Claro que se esquecem de dizer que ao fim de uns dias em pé todos estão é a procurar um médico para operar as varizes. No entanto o conceito não deixa de ser interessante.

O problema é que normalmente não há uma forma fácil de alterar as nossas rotinas e as nossas mesas de trabalho para que possamos estar em pé o dia todo (ou pelos parte dele). No meu caso não posso mexer na altura da mesa do escritório pelo que a única solução foi arranjar um suporte para elevar o teclado bluetooth, o rato e os monitores. Como utilizo dois monitores o segundo ficou um pouco mais baixo do que queria e ainda não arranjei uma solução para ele. Mas adiante.

Livros de uma vida

Uma pessoa só percebe quanta tralha tem quando finalmente decide mudar os livros de casa. São toneladas! Começa-se por encaixotar os ditos. Percebe-se que cada metro de estante acaba por levar uns 30Kg de livros e não se percebe como se conseguiu comprar tanto, tanto livro. Só nestas alturas é que percebemos que estamos já velhos. E claro depois de tudo retirado está na altura de voltar a arrumar os livros novamente nas estantes. Que dor de cabeça.